Le bâtiment est altéré en de nombreux emplacements, spécialement dans les parties constituées de grès des Vosges ; la pierre est encrassée et noircie par des décennies de pollutions. En 1991, il est décidé la restauration du bâtiment classé, au titre de la loi de 1913, monument historique depuis le 1er avril 1963. Cette restauration se déroula en très étroite relation avec le service des monuments historiques de Franche-Comté

La restauration commence par le nettoyage des façades. Le procédé retenu permet d'intervenir à partir d'une nacelle-ventouse fixée à l'extrémité d'un bras pneumatique monté sur un camion. Il présente le double avantage d'être rapide (pas d'échafaudage) et non traumatisant (pas d'adjonction de produit chimique) pour l'épiderme de la pierre puisqu'il agit par gommage en projetant sous pression une poudre très fine de verre. Le calcin protecteur de la pierre est conservé.
Après l'installation d'un échafaudage lourd, en raison des charges à supporter, un relevé pierre à pierre est établi. Il permet, après analyse de leur état sanitaire, de repérer les pierres à changer. Les compagnons tailleurs de pierre ont utilisé 13,60 m³ de calcaire de Villebois et 13,70 m³ de grès : rose d'Alsace (carrière Schneider à Bust dans le Bas-Rhin), gris d'Adamswiller (Bas-Rhin, canton de Saverne). Après la taille et si nécessaire, une patine dont la composition reste le secret du compagnon vient parfaire le travail. Les éclats de la pierre sont repris au moyen d'un mélange de résine et de poudre de pierre.